L’Église est de plan rectangulaire à l’extérieur. A l’intérieur, il y a deux absides jumelles, un chœur très ouvert et cinq travées à peu près carrées. Sa longueur est de 43,50 mètres, sa largeur de 8,30 mètres, sa hauteur, de 10,75 mètres et, sous clef, de 16 mètres. Deux portes s’ouvrent au midi : l’une, plus petite, donnait sur les bâtiments conventuels aujourd’hui disparus, et dont une partie du cloître est reconstitué au musée de Tolédo (Ohio – U.S.A.). L’autre, est le portail principal en plein cintre à trois voussures. Trois magnifiques colonnes de marbre encadrent, de part et d’autre, ce portail. Des sujets et des histoires habillent les chapiteaux tous différents. A l’intérieur de l’église, les colonnes sont également surmontées de chapiteaux pour la plupart porteurs feuillages, d’animaux, de personnages.

L’église originelle est orientée à l’Est, elle présente deux absides jumelles. Le chapiteau qui couronne le pilier séparant les deux arcs de ces absides, représente un abbé mitré, raide et drapé dans ses vêtements sacerdotaux qui bénit l’église d’une main droite énorme. La disproportion manifeste avec sa main gauche souligne bien la puissance de sa bénédiction. D’ailleurs, le sculpteur compatissant, lui a adjoint un acolyte qui soutient son bras et lui permet de prolonger son geste à travers les siècles. Les deux absidioles sont meublées de tables d’autel en marbre blanc : à droite, se trouve la table de la chapelle d’origine consacrée en 1130 et transportée au XIIIème siècle à l’actuel autel Sainte Marie ; à gauche, la table offerte par Pons de Vernet en 1211 dédiée à Saint Jacques.